Al Congreso INVESTIGA I+D+i asistirán el profesor y los cinco participantes de los centros seleccionados de la fase escolar. Consiste en un evento que tiene lugar en Madrid durante un fin de semana de mayo.

El Congreso comienza con una sesión de apertura solemne en la sede del Consejo Superior de Investigaciones Científicas con la asistencia de autoridades del mundo investigador.

Después de unas sesiones para romper el hielo, los participantes se reúnen para poner en común los trabajos realizados, profundizando en los temas mediante el trabajo en equipo.

Estas sesiones de trabajo, dirigidas por antiguos participantes en el Programa y con el apoyo del Experto, ampliarán la perspectiva sobre el tema, y desembocarán en una ponencia que deberán presentar los propios participantes. Asimismo tendrán diferentes actividades que harán que sea este un fin de semana inolvidable.

El último día se presentarán las ponencias realizadas, acto al que pueden asistir las familias de los participantes, finalizando con un acto de clausura.

En base al trabajo desarrollado durante este fin de semana, así como la participación en el blog durante la fase escolar, se seleccionarán los participantes que pasarán a la siguiente fase.

Mientras tanto los profesores tienen un fin de semana relajado en un entorno inigualable, durante el cual atienden a una serie de sesiones específicas para ellos donde intercambiar opiniones sobre temas científicos y académicos.

Las condiciones de participación se establecen cada año en las bases de cada edición.